Etter omorganiseringen i Helsedirektoratet 1.1.2016 ble det ny ansvarsfordeling og nye kontaktpersoner innen alternativ behandling i direktoratet. Avdeling Godkjenning og regelverk i divisjon Kompetanse og personell har hovedsaklig ansvar for behandling av søknader fra utøverorganisasjoner som søker godkjenning for registrering i Brønnøysundregisteret. Avdelingen besvarer og koordinerer også henvendelser vedr. registerordningen, samt gir veiledning i regelverket knyttet til alternativ behandling. Kontaktpersoner for henvendelser er seniorrådgiver Cathrine Marie Sedeniussen og seniorrådgiver Vigdis Elise Mork.
Mer overordnede spørsmål knyttet til alternativ behandling som område, er det Avdeling for Spesialisering og etterutdanning (KPSE) i Divisjon Kompetanse og personell som har ansvaret for. Ansvarlig avdelingsleder er Randi Moen Forfang.